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用于先進(jìn)藥物輸送——工程微生物系統(tǒng)

 谷禾健康 2022-06-20 發(fā)布于浙江

人體是眾多微生物的自然棲息地,其中細(xì)菌是微生物群的主要組成部分。許多細(xì)菌種類,無(wú)論是共生的還是致病的,都通過(guò)生化信號(hào)與宿主相互作用。

基于這些屬性,共生和減毒病原菌已經(jīng)被設(shè)計(jì)成能夠輸送治療分子來(lái)靶向特定的疾病。

合成生物學(xué)的最新進(jìn)展使我們能夠在活細(xì)菌和細(xì)菌衍生顆粒中進(jìn)行復(fù)雜的遺傳修飾,這些顆粒模擬微米或亞微米脂質(zhì)載體,用于靶向遞送治療劑。

工程細(xì)菌或細(xì)菌衍生顆粒,它們包裹、分泌或表面展示治療分子,用于治療或預(yù)防各種疾病。

本文主要討論使用工程細(xì)菌:

作為微生物細(xì)胞工廠生產(chǎn)治療藥物

用于疾病特異性釋放治療劑的感覺(jué)和反應(yīng)系統(tǒng)

作為癌癥治療的靶向藥物輸送系統(tǒng)

? 使用細(xì)菌衍生顆粒作為先進(jìn)藥物遞送載體

1

微生物細(xì)胞工廠生產(chǎn)治療劑

與其他現(xiàn)有的傳統(tǒng)藥物運(yùn)輸方式相比,工程菌的使用具有重大優(yōu)勢(shì);

它們是活的,因此在被注射到體內(nèi)后可以執(zhí)行各種生物過(guò)程。這包括與微環(huán)境相互作用,以實(shí)現(xiàn)使用當(dāng)前藥物輸送系統(tǒng)難以模仿的精確反應(yīng)。

這種生物過(guò)程可以是自然發(fā)生的,也可以通過(guò)基因工程合成并入選擇的細(xì)菌中。包括治療劑的生產(chǎn),其中益生菌菌株的行為就像一個(gè)微生物細(xì)胞工廠,不斷生產(chǎn)具有治療特性的蛋白質(zhì)或代謝物。這些細(xì)菌可以棲息在口腔和鼻腔、胃腸道或皮膚中,可用于治療多種疾病。

鑒于這些,微生物細(xì)胞工廠涉及的設(shè)計(jì)原則:

 1) 使用細(xì)菌作為靶向解剖位置的“輸送車

 2) 細(xì)菌穩(wěn)定且持續(xù)地釋放天然或結(jié)合的療法

工程菌——治療苯丙酮尿癥

傳統(tǒng)上,苯丙酮尿癥是通過(guò)飲食干預(yù)提供輔助因子來(lái)提高天然苯丙氨酸(Phe)降解酶的活性來(lái)治療的。然而,這些方法依從性較差,不足以作為單一療法。

在一項(xiàng)研究中,一種腸道共生微生物Escherichia Coli Nissle 1917(EcN)被基因改造用于治療苯丙酮尿癥。

作為一種替代策略,研究人員改造的EcN表達(dá)苯丙氨酸代謝酶,以降低腸道中循環(huán)苯丙氨酸的水平。在苯丙酮尿癥的小鼠模型中,發(fā)現(xiàn)這種工程微生物顯著降低了苯丙酮尿癥小鼠的苯丙氨酸水平,以及在食用苯丙氨酸挑戰(zhàn)的食蟹猴身上。

攜帶代謝途徑或釋放苯丙氨酸裂解酶的工程菌

對(duì)苯丙氨酸水平的調(diào)控

修正代謝不平衡

Shen H, et al. Adv Drug Deliv Rev. 2022 

作為一種額外的安全特性,工程微生物的生長(zhǎng)依賴于外源性二氨基庚二酸鹽,這在小鼠的腸道和環(huán)境樣本中沒(méi)有發(fā)現(xiàn)足夠水平的該物質(zhì),從而確保了工程微生物的生物安全性。

另一項(xiàng)研究采取了另一種針對(duì)這種疾病的策略,通過(guò)改造羅伊氏乳桿菌(Lactobacillus reuteri, L. reuteri)在腸道中持續(xù)分泌苯丙氨酸解氨酶來(lái)調(diào)節(jié) Phe。

還發(fā)現(xiàn)這種工程益生菌可以在給藥后3-4天內(nèi)降低苯丙酮尿癥小鼠模型中的循環(huán) Phe 水平。有趣的是,初步篩選顯示小鼠對(duì)分泌酶沒(méi)有免疫反應(yīng),而在全身注射聚乙二醇化苯丙氨酸解氨酶后觀察到幾種免疫相關(guān)的不良反應(yīng)。

工程益生菌——調(diào)節(jié)免疫反應(yīng)

幾項(xiàng)研究使用益生菌來(lái)調(diào)節(jié)宿主免疫反應(yīng),來(lái)治療炎癥性腸病 (IBD)、潰瘍性結(jié)腸炎和克羅恩病。這些疾病的現(xiàn)有治療包括抗炎免疫抑制藥物。然而,這些藥物的療效通常很差,除了與這些藥物相關(guān)的多種不良反應(yīng)外,還有相當(dāng)大比例的患者對(duì)治療沒(méi)有反應(yīng)。

利用工程益生菌運(yùn)輸抗炎分子已經(jīng)在各種研究中進(jìn)行了探索,并取得了成功。研究人員改造的轉(zhuǎn)基因乳酸乳球菌在腸道中結(jié)構(gòu)性分泌抗炎細(xì)胞因子IL-10。盡管由于藥物的靶向傳遞,濃度比腹膜內(nèi)注射的量低幾個(gè)數(shù)量級(jí),仍然發(fā)現(xiàn)這種益生菌可以將小鼠的結(jié)腸炎減少50%,并顯示出與全身給藥的IL-10相似的療效。

Shen H, et al. Adv Drug Deliv Rev. 2022 

CXCL12至皮膚,GLP-1至腸道,分別用于治療皮膚創(chuàng)傷和記憶學(xué)習(xí);以炎癥性腸病為靶點(diǎn)的IL-10和IL-27的組成性產(chǎn)生。

雖然這種基因改造的益生菌在二期臨床試驗(yàn)中被發(fā)現(xiàn)對(duì)治療IBD無(wú)效,但其他研究已經(jīng)使用乳酸乳球菌( Lactococcus lactis,L. lactis)在患有結(jié)腸炎的小鼠的腸道中結(jié)構(gòu)性地遞送IL-27。在減輕小鼠結(jié)腸炎方面,這種療法比產(chǎn)生IL-10的L. lactis菌株或全身應(yīng)用IL-27本身具有更高的療效。

各種研究還探索了使用口服疫苗(一種表達(dá)抗原的轉(zhuǎn)基因益生菌)來(lái)誘導(dǎo)免疫反應(yīng),并保護(hù)免受特定細(xì)菌或病毒病原體的攻擊。

例如,工程化干酪乳桿菌(Lactobacillus casei)組成性表達(dá)和分泌產(chǎn)氣莢膜梭菌(Clostridium perfringens, C.perfringens) α-毒素,以開(kāi)發(fā)針對(duì)產(chǎn)氣莢膜梭菌感染的疫苗。在用工程益生菌治療的小鼠中,在腸粘液和糞便以及血清中發(fā)現(xiàn)了產(chǎn)氣莢膜素α-毒素。在腸道粘液和糞便以及血清中發(fā)現(xiàn)了能夠中和C.perfringens α-毒素的特異性IgG和IgA抗體。同樣,L. lactis經(jīng)過(guò)工程改造,可在益生菌表面表達(dá)HIV-1 Gag-p24,并能夠誘導(dǎo)抗HIV的IgA和IgG反應(yīng)。

工程菌——治療皮膚,加速愈合

益生菌也被用于治療皮膚。例如,研究人員設(shè)計(jì)的羅伊氏乳桿菌L. reuteri,使其產(chǎn)生趨化因子CXCL12,用在局部給藥時(shí)加速傷口愈合。CXCL12將巨噬細(xì)胞募集到傷口部位,促進(jìn)組織修復(fù)。將生長(zhǎng)因子直接運(yùn)輸至傷口部位可能由于傷口的蛋白水解性質(zhì)效果不佳。

研究發(fā)現(xiàn),因乳酸天然產(chǎn)生,L. reuteri 給藥可降低傷口部位的pH值。這有助于延長(zhǎng)CXCL12的生物利用度,因?yàn)橛捎?strong style="box-sizing: border-box;">pH降低,CD26對(duì)CXCL12的肽酶活性受到抑制。發(fā)現(xiàn)表達(dá) CXCL12的工程化L. reuteri 在患有高血糖或外周缺血的小鼠身上,以及在人類皮膚傷口模型中,可以加速與慢性傷口相關(guān)的局部傷口的愈合。

此前,瑞典的Ilya Pharma公司使用這種經(jīng)過(guò)改造的益生菌完成了一項(xiàng)I期臨床試驗(yàn),并報(bào)告稱傷口愈合平均縮短了 3 天。第二階段試驗(yàn)正在進(jìn)行中。

工程菌——調(diào)節(jié)菌群,靶向心血管病

腸道微生物群與神經(jīng)系統(tǒng)和心血管疾病發(fā)展之間日益密切的關(guān)聯(lián)為口服益生菌通過(guò)調(diào)節(jié)微生物群來(lái)靶向這些疾病提供了機(jī)會(huì)。

有人使用L. lactis在腸道中持續(xù)輸送胰高血糖素樣肽-1 (GLP-1),用于治療脂多糖誘導(dǎo)的記憶障礙并改善小鼠的空間學(xué)習(xí)。

副干酪乳桿菌(Lactobacillus paracasei)也經(jīng)過(guò)基因改造,通過(guò)將血管緊張素轉(zhuǎn)化酶2 (ACE2)融合到霍亂毒素的無(wú)毒亞基B上以促進(jìn)跨粘膜運(yùn)輸。

在兩種糖尿病視網(wǎng)膜病變小鼠模型中,工程益生菌顯示視網(wǎng)膜炎性細(xì)胞因子表達(dá)減無(wú)細(xì)胞毛細(xì)血管減少。在血清和組織樣本中均證實(shí)了修飾酶的活性。

2

感知和響應(yīng)系統(tǒng)

除了作為微生物細(xì)胞工廠的工程益生菌外,感知和響應(yīng)系統(tǒng)也已被納入工程益生菌中。在這些系統(tǒng)中,細(xì)菌中的感覺(jué)模塊感知疾病特有的信號(hào),激活反應(yīng)模塊產(chǎn)生治療分子。由于治療分子只在工程細(xì)菌檢測(cè)到疾病信號(hào)的地方產(chǎn)生,因此感覺(jué)和反應(yīng)系統(tǒng)通過(guò)最大限度地減少脫靶效應(yīng)來(lái)確保高治療特異性。

將感應(yīng)和反應(yīng)模塊整合到工程細(xì)菌中

以針對(duì)各種疾病采取針對(duì)性行動(dòng)

Shen H, et al. Adv Drug Deliv Rev. 2022 

此外,由于效應(yīng)蛋白持續(xù)表達(dá)造成的高代謝負(fù)擔(dān)會(huì)導(dǎo)致自發(fā)基因突變,從而降低細(xì)菌生長(zhǎng)速度。在感覺(jué)和反應(yīng)系統(tǒng)的情況下沒(méi)有觀察到這一點(diǎn),因?yàn)樾?yīng)器蛋白只在對(duì)感覺(jué)信號(hào)的反應(yīng)中產(chǎn)生。

檢測(cè)病原體產(chǎn)生的群體感應(yīng)分子

并釋放抗菌劑來(lái)對(duì)抗感染

具有感覺(jué)和反應(yīng)系統(tǒng)的益生菌主要通過(guò)檢測(cè)病原體產(chǎn)生的群體感應(yīng)分子并釋放抗菌劑來(lái)對(duì)抗感染。細(xì)菌釋放的群體感應(yīng)分子參與調(diào)節(jié)基因表達(dá),以反應(yīng)細(xì)胞密度的變化。這些分子通常是物種特異性的,因此是病原體檢測(cè)的理想候選者。

研究人員設(shè)計(jì)EcN技術(shù)檢測(cè)由銅綠假單胞菌(Pseudomonas aeruginosa)產(chǎn)生的N-酰基-高絲氨酸內(nèi)酯(AHL)。這是通過(guò)組成性表達(dá)轉(zhuǎn)錄因子 LasR來(lái)實(shí)現(xiàn)的,該因子與AHL結(jié)合并激活 PluxR 啟動(dòng)子。利用該啟動(dòng)子表達(dá)抗銅綠假單胞菌S5膿菌素、抗生物膜DspB酶和E7裂解蛋白,使EcN自溶,釋放治療分子。發(fā)現(xiàn)這種工程微生物對(duì)小鼠和秀麗隱桿線蟲(chóng)都有預(yù)防和治療作用。

同樣,L. lactis通過(guò)使用來(lái)自糞腸球菌的prgX/Q系統(tǒng)來(lái)針對(duì)糞腸球菌產(chǎn)生三種對(duì)病原體具有強(qiáng)大的抗菌活性的細(xì)菌素。在病原體產(chǎn)生的信息素cCF10存在的情況下,prgX/Q系統(tǒng)被激活,從而能夠有針對(duì)性地檢測(cè)和消除糞腸球菌。還發(fā)現(xiàn)工程益生菌能夠消除耐多藥的糞腸球菌菌株。這種感覺(jué)和反應(yīng)系統(tǒng)也已被開(kāi)發(fā)用于霍亂弧菌和白色念珠菌。

利用病原體特異性轉(zhuǎn)錄因子

開(kāi)發(fā)產(chǎn)生抗菌化合物的活細(xì)菌

例如,使用大腸桿菌β3914通過(guò)結(jié)合將工程毒素輸送到霍亂弧菌中。這種毒素被內(nèi)含子分解,從而只在攜帶特定轉(zhuǎn)錄因子的目標(biāo)病原體中被激活。這確保了高度特異性,因?yàn)樗拗骷?xì)菌和群落中的其他微生物都不會(huì)受到毒素-內(nèi)毒素復(fù)合物的影響。

有的使用疾病特異性生物標(biāo)志物來(lái)開(kāi)發(fā)感知和響應(yīng)系統(tǒng)。有人設(shè)計(jì)EcN檢測(cè)四硫酸鹽(一種在沙門氏菌感染期間發(fā)炎的腸道中發(fā)現(xiàn)的化學(xué)物質(zhì),由活性氧物種與硫代硫酸鹽反應(yīng)產(chǎn)生)。他將沙門氏菌中參與連四硫酸鹽檢測(cè)和利用的ttr操縱子轉(zhuǎn)移到 EcN。ttr操縱子與MccH47(MccH47 是一種抑制沙門氏菌生長(zhǎng)的微菌素)的產(chǎn)生相結(jié)合。在體外實(shí)驗(yàn)中,工程化的 EcN 能夠檢測(cè)環(huán)境中的連四硫酸鹽并產(chǎn)生 MccH47,從而抑制和競(jìng)爭(zhēng)病原體的生長(zhǎng)。

治療其他疾病

例如,釀酒酵母通過(guò)感知和降解胞外三磷酸腺苷(eATP)來(lái)治療IBD。eATP是嘌呤能信號(hào)通路的一部分,參與IBD的生理過(guò)程。eATP能夠促進(jìn)促炎細(xì)胞因子的產(chǎn)生效應(yīng) T 細(xì)胞活化以及抑制調(diào)節(jié)性 T 細(xì)胞反應(yīng)。eATP被CD39水解AMP,導(dǎo)致免疫抑制。

因此,在某項(xiàng)研究中,作者在酵母菌株中開(kāi)發(fā)了一種高度敏感P2Y2受體,通過(guò)進(jìn)化天然的人類 P2Y2受體來(lái)檢測(cè)eATP。這種受體的激活與一種ATP降解酶的釋放有關(guān)。這種工程酵母菌株能夠抑制IBD小鼠模型中的腸道炎癥,類似于通常與各種不良反應(yīng)相關(guān)的標(biāo)準(zhǔn)護(hù)理療法。

此外,有人使用EcN作為局部轉(zhuǎn)運(yùn)治療分子的載體來(lái)靶向克羅恩病。研究人員使用一氧化氮 (NO) 作為疾病生物標(biāo)志物,并將其檢測(cè)與治療性粒細(xì)胞巨噬細(xì)胞集落刺激因子(GM-CSF)運(yùn)動(dòng)調(diào)節(jié)蛋白CheZ 的產(chǎn)生聯(lián)系起來(lái),這將使EcN聚集在NO產(chǎn)生部位并產(chǎn)生治療分子

3

靶向腫瘤缺氧的細(xì)菌

工程菌也可以用作抗癌劑,其中合適的細(xì)菌菌株被工程化用在缺氧的腫瘤環(huán)境中并提供治療有效載荷。腫瘤缺氧是大多數(shù)實(shí)體瘤的共同特征,被認(rèn)為是與健康組織相比組織氧水平降低的一種狀態(tài)。

使用活細(xì)菌開(kāi)發(fā)抗癌遞送系統(tǒng)的不同策略

Shen H, et al. Adv Drug Deliv Rev. 2022 

腫瘤組織具有相同的代謝需求,但其氧氣供應(yīng)不足以支持其快速增長(zhǎng)的腫塊。為了彌補(bǔ)這一點(diǎn),腫瘤組織通過(guò)增強(qiáng)和不受控制的血管生成來(lái)加速血管網(wǎng)絡(luò)的發(fā)展。結(jié)果,在實(shí)體瘤中形成了一個(gè)混沌的異質(zhì)血管網(wǎng)絡(luò),形成了與血管系統(tǒng)的距離增加和耗氧量增多的微區(qū)域。

這種低氧微環(huán)境改變了腫瘤細(xì)胞的代謝導(dǎo)致細(xì)胞靜止,從而導(dǎo)致腫瘤細(xì)胞產(chǎn)生治療耐藥性。此外,缺氧還調(diào)節(jié)抑制腫瘤微環(huán)境內(nèi)的免疫系統(tǒng),從而保護(hù)腫瘤細(xì)胞免受免疫監(jiān)視。

已證明活細(xì)菌在本質(zhì)上定植于缺氧腫瘤區(qū)域。在荷瘤小鼠中,靜脈注射的細(xì)菌最初擴(kuò)散到健康組織和腫瘤組織。隨著時(shí)間的推移,非腫瘤組織和循環(huán)中的細(xì)菌很快被清除;但由于缺乏免疫監(jiān)視,腫瘤中的細(xì)菌細(xì)胞茁壯成長(zhǎng)。

據(jù)報(bào)道,兼性或?qū)P詤捬蹙?/strong>對(duì)腫瘤表現(xiàn)出更高的特異性,不會(huì)定植于非腫瘤性缺氧病變。因此在這些工程微生物系統(tǒng)中,通常選擇厭氧菌作為底盤。

以下討論用于癌癥治療的細(xì)菌細(xì)胞化學(xué)工程的策略以及簡(jiǎn)要總結(jié)不同尋求腫瘤的細(xì)菌菌株的減毒方法。

核酸

裸露核酸如治療性cDNAs和沉默RNAs通過(guò)腫瘤細(xì)胞膜的滲透性有限,因此由于細(xì)胞攝取能力差,其效率非常低。為了增強(qiáng)核酸內(nèi)化,已經(jīng)在基因治療中探索了多種遞送載體。

一種是使用活細(xì)菌作為載體將細(xì)菌質(zhì)粒DNA轉(zhuǎn)移哺乳動(dòng)物細(xì)胞中,這一過(guò)程稱為細(xì)菌轉(zhuǎn)染。在腫瘤治療中,細(xì)菌轉(zhuǎn)染可通過(guò)兩種方式應(yīng)用:

1) 將編碼治療性蛋白的cDNA導(dǎo)入腫瘤細(xì)胞,以主動(dòng)誘導(dǎo)細(xì)胞死亡;

2) 將編碼腫瘤相關(guān)抗原的cDNA導(dǎo)入吞噬細(xì)胞抗原提呈細(xì)胞,以刺激對(duì)癌癥的免疫反應(yīng)。

在這兩種應(yīng)用中,載體細(xì)菌都被目標(biāo)宿主細(xì)胞內(nèi)化,在目標(biāo)宿主細(xì)胞中,細(xì)菌要么主動(dòng)侵入癌細(xì)胞,要么被動(dòng)地被免疫細(xì)胞獲取。在這方面,沙門氏菌屬單核細(xì)胞增生李斯特菌最適合細(xì)菌轉(zhuǎn)染,并且已普遍用于癌癥治療。

在先前的研究中,一種帶有穿梭質(zhì)粒的工程化單核細(xì)胞增生李斯特菌菌株被用作小鼠前列腺癌模型中的DNA疫苗,在該模型中,單核細(xì)胞增生李斯特菌細(xì)胞主動(dòng)地將腫瘤特異性抗原,前列腺特異性抗原(PSA)導(dǎo)入腫瘤細(xì)胞。工程改造的單核細(xì)胞增生李斯特菌成功地激發(fā)了導(dǎo)致腫瘤消退的T細(xì)胞特異性免疫反應(yīng)。

在另一項(xiàng)研究中也采用了類似的策略,在該研究中,單核細(xì)胞增生李斯特菌被改造成用于提供靶向黑色素瘤抗原基因-b(MAGE-b)的DNA疫苗,這導(dǎo)致了乳腺癌模型中的腫瘤消退。其他研究還使用鼠傷寒沙門氏菌和單核細(xì)胞增生李斯特菌菌株來(lái)傳遞編碼血管生成抑制劑蛋白(如內(nèi)皮抑素和內(nèi)皮糖蛋白)的基因,以抑制腫瘤進(jìn)展。

與DNA類似,siRNAshRNA的傳遞也需要細(xì)菌載體主動(dòng)侵入靶癌細(xì)胞。到目前為止,細(xì)菌介導(dǎo)的 RNAi傳遞已在小鼠腫瘤模型中被應(yīng)用于多種基因的調(diào)節(jié),包括IDO(免疫抑制劑吲哚胺 2,3-雙加氧酶)、PLK1(細(xì)胞周期相關(guān)蛋白,polo 樣激酶 1)、STAT3survivin Sox2(性別決定區(qū)Y框蛋白2)。

除沙門氏菌和單核細(xì)胞增生李斯特菌外,有研究報(bào)道了一種可用于將shRNA導(dǎo)入癌細(xì)胞的侵襲性重組大腸桿菌BL21。該工程菌株表達(dá)來(lái)自單核細(xì)胞增生李斯特菌的侵襲素和李斯特菌溶血素O,使細(xì)菌能夠滲入癌細(xì)胞并從吞噬溶酶體中釋放針對(duì)連環(huán)蛋白B-1 (CTNNB1) 的shRNA。

連環(huán)蛋白B-1是一種已知的原癌基因,在一系列癌癥中發(fā)現(xiàn)突變或過(guò)度表達(dá)。

工程大腸桿菌菌株的施用導(dǎo)致結(jié)腸癌異種移植物和正常腸上皮細(xì)胞中的連環(huán)蛋白B-1蛋白水平顯著降低。當(dāng)應(yīng)用于APCmin小鼠(一種腸道和乳腺腫瘤發(fā)生模型)時(shí),工程大腸桿菌菌株導(dǎo)致腸息肉數(shù)量減少80%。

治療性蛋白質(zhì)

在細(xì)菌介導(dǎo)的腫瘤治療中,細(xì)菌直接靶向腫瘤表達(dá)和傳遞的治療性蛋白主要分為細(xì)胞毒劑免疫調(diào)節(jié)劑。

細(xì)胞毒劑的表達(dá)是使細(xì)菌具有高抗腫瘤活性的最直接的方法。為了減少對(duì)健康組織的可能損害,控制細(xì)胞毒素的表達(dá),如大腸桿菌溶血蛋白溶細(xì)胞素A(ClyA)和金黃色葡萄球菌α-溶血素,以便在腫瘤特異性條件下進(jìn)行誘導(dǎo)。

例如,有人改造了一種鼠傷寒沙門氏菌菌株,該菌株可以在缺氧環(huán)境中表達(dá)細(xì)胞毒性溶血素,并成功地抑制了小鼠乳腺腫瘤模型中的腫瘤生長(zhǎng)。除了受控表達(dá),細(xì)胞毒素也可以以癌癥靶向嵌合蛋白的形式傳遞。

據(jù)報(bào)道,一株表達(dá)具有EGFR(表皮生長(zhǎng)因子受體)靶向配體的嵌合假單胞菌外毒素A的鼠傷寒沙門氏菌工程菌,該菌在體外對(duì)腫瘤細(xì)胞具有靶向殺傷作用。為了進(jìn)一步驗(yàn)證,研究人員將工程菌株應(yīng)用于患有結(jié)腸癌或乳腺癌的小鼠,并觀察到腫瘤生長(zhǎng)顯著減少。

在免疫調(diào)節(jié)劑中,尋找腫瘤的細(xì)菌已經(jīng)被改造成表達(dá)各種細(xì)胞因子,包括IL-2、IL-1、IL-18和鞭毛蛋白等。應(yīng)用這些表達(dá)細(xì)胞因子的菌株已被證明可以調(diào)節(jié)對(duì)癌癥的免疫反應(yīng),使腫瘤微環(huán)境 (TME) 對(duì)免疫治療敏感,并抑制腫瘤生長(zhǎng)。

此外,已經(jīng)報(bào)道了兩項(xiàng)獨(dú)立的研究,其中工程化 EcN用于傳遞針對(duì)PD-L1CTLA-4檢查點(diǎn)阻斷納米抗體,以及針對(duì)免疫球蛋白CD47納米抗體拮抗劑。這些納米體通過(guò)EcN的傳遞導(dǎo)致腫瘤浸潤(rùn)性T細(xì)胞的激活增加,刺激腫瘤消退,并促進(jìn)小鼠的長(zhǎng)期生存。

除了直接影響腫瘤的有效載荷外,腫瘤靶向細(xì)菌也被設(shè)計(jì)用于表達(dá)和輸送前藥轉(zhuǎn)化酶。隨著這些細(xì)菌的定位,無(wú)害的前藥被系統(tǒng)地給藥,并被腫瘤中的細(xì)菌轉(zhuǎn)化為天然的細(xì)胞毒性形式,從而使天然藥物的脫靶活性最小化。

胞嘧啶脫氨酶(CD)是一種常用的前體藥物轉(zhuǎn)化酶,可將5-氟胞嘧啶(5-FC)(前體藥物)轉(zhuǎn)化為化療藥物5-氟尿嘧啶(5-FU)(天然藥物)。

在一項(xiàng)初步的臨床試驗(yàn)中,一種表達(dá)CD的鼠傷寒沙門氏菌菌株通過(guò)瘤內(nèi)注射和5-FC全身給藥應(yīng)用于三名難治性癌癥患者。在經(jīng)過(guò)六個(gè)治療周期后,沒(méi)有發(fā)現(xiàn)可歸因于工程菌株的重大不良事件。在三分之二的患者中,觀察到腫瘤內(nèi)細(xì)菌定植伴隨腫瘤中5-FU水平升高

此外,有研究人員經(jīng)過(guò)工程化的 EcN 可以分泌重組黑芥子酶,將天然十字花科蔬菜中的硫代葡萄糖苷轉(zhuǎn)化為抗癌化合物蘿卜硫素。在小鼠結(jié)直腸癌模型中,聯(lián)合應(yīng)用工程化EcN西蘭花提取物顯著降低腫瘤發(fā)生率和腫瘤消退。

細(xì)菌菌株的減毒

盡管工程菌作為抗癌劑的用途,但還需要進(jìn)一步改進(jìn)來(lái)降低用于靶向腫瘤的病原菌的毒力減少體內(nèi)的非特異性定植。

細(xì)菌化療藥物組成的聯(lián)合療法可以通過(guò)使癌細(xì)胞對(duì)治療敏感,從而減少這兩種成分的需求量,從而有助于減少毒性和不良反應(yīng)。

盡管腫瘤靶向活性很高,但毒力減弱對(duì)梭狀芽胞桿菌、李斯特菌沙門氏菌屬的致病菌株至關(guān)重要,因?yàn)橐阎鼈儠?huì)引起感染。這可以通過(guò)刪除毒力基因產(chǎn)生營(yíng)養(yǎng)缺陷型突變來(lái)實(shí)現(xiàn),使菌株無(wú)法自我分裂并引起感染。

例如,脂多糖 (LPS) 是革蘭氏陰性菌中產(chǎn)生的最有效的內(nèi)毒素之一,已知會(huì)引起系統(tǒng)性炎癥。在一株鼠傷寒沙門氏菌菌株中,編碼脂類A生物合成肉豆蔻酰轉(zhuǎn)移酶的msbB基因的缺失導(dǎo)致脂多糖產(chǎn)生的脂類A發(fā)生變化,從而減少了小鼠在細(xì)菌注射后產(chǎn)生的腫瘤壞死因子α(TNF-a)的量。LPS修飾大大降低了細(xì)菌菌株的毒性,表現(xiàn)為小鼠的LD50(半數(shù)致死劑量)增加了10,000倍

根據(jù)改進(jìn)的LD50值,其他研究也報(bào)道了一種亮氨酸和精氨酸營(yíng)養(yǎng)缺陷型沙門氏菌A1-R菌株,該菌株高度減毒,在各種模型中表現(xiàn)出高安全性。由于腫瘤中富含亮氨酸和精氨酸環(huán)境,該菌株也被證明優(yōu)先定植于腫瘤,并使腫瘤對(duì)化療敏感。

此外,常用的鼠傷寒沙門氏菌VNP20009是一種攜帶msbB缺失的嘌呤營(yíng)養(yǎng)缺陷型突變體,該底盤細(xì)菌已在各種小鼠模型中進(jìn)行了廣泛研究,并已通過(guò)臨床試驗(yàn)的安全性評(píng)估。

另一方面,提高底盤細(xì)菌的腫瘤靶向特異性對(duì)于改善其作為治療遞送系統(tǒng)的性能至關(guān)重要。這對(duì)于兼性厭氧菌尤其重要,因?yàn)檫@些微生物可以在正常的含氧組織中繁殖并造成組織損傷。因此,提高兼性厭氧菌的腫瘤靶向特異性對(duì)于它們作為治療遞送系統(tǒng)的性能至關(guān)重要。

  • 展示腫瘤結(jié)合模塊

其中一種策略是通過(guò)在細(xì)菌表面展示腫瘤結(jié)合模塊來(lái)增強(qiáng)細(xì)菌的腫瘤結(jié)合能力。這些結(jié)合模塊,要么是合成的結(jié)合蛋白,要么是天然的細(xì)菌粘附素,通常針對(duì)在癌細(xì)胞中過(guò)度表達(dá)的表面標(biāo)志物,如αvβ3整合素、硫酸乙酰肝素和腫瘤相關(guān)抗原。這些腫瘤結(jié)合模塊的表面展示導(dǎo)致細(xì)菌定植的改善工程菌在腫瘤中的富集

  • 使用腫瘤特異性表達(dá)系統(tǒng)

另一種已采用的策略是使用腫瘤特異性表達(dá)系統(tǒng),以確保細(xì)菌介導(dǎo)的治療傳遞的安全性。在這些系統(tǒng)中,有效載荷的表達(dá)受誘導(dǎo)型啟動(dòng)子的調(diào)節(jié),這些啟動(dòng)子響應(yīng)于TME信號(hào),包括缺氧和酸中毒或直接遞送至腫瘤部位的放射治療。

  • 光熱療法

在其他情況下,研究人員還將材料科學(xué)和合成生物學(xué)結(jié)合起來(lái),開(kāi)發(fā)出細(xì)菌介導(dǎo)的光熱療法來(lái)治療癌癥。

在其中一些系統(tǒng)中,金納米顆粒(AuNPs)通過(guò)生物礦化涂覆在細(xì)菌表面。這些細(xì)菌經(jīng)過(guò)基因工程改造,可在對(duì)熱的反應(yīng)中表達(dá)抗腫瘤分子。在給藥細(xì)菌細(xì)胞并定位于腫瘤中后,部署近紅外(NIR)激光來(lái)殺死腫瘤細(xì)胞。在NIR照射下,AuNPs吸收透皮光子并將其轉(zhuǎn)化為局部熱量,這也激活了細(xì)菌中腫瘤抑制分子的表達(dá),導(dǎo)致細(xì)胞死亡,同時(shí)產(chǎn)生的熱量。

已經(jīng)證明,在光誘導(dǎo)下,應(yīng)用含有AuNPs的生物礦化大腸桿菌細(xì)胞,在小鼠乳腺癌模型中表達(dá)TNF-α,在小鼠結(jié)腸癌模型中表達(dá)ClyA,從而導(dǎo)致顯著的腫瘤消退

4

細(xì)菌衍生顆粒傳遞藥物

除了活細(xì)菌療法外,細(xì)菌衍生的非染色體顆粒,如細(xì)菌膜影(BGs)微細(xì)胞膜囊泡(MVs)也被用作藥物輸送載體。

Shen H, et al. Adv Drug Deliv Rev. 2022 

這些顆粒比細(xì)菌細(xì)胞,其中一些達(dá)到納米顆粒的大小,幾乎與納米晶體(<100 nm)相當(dāng)。與相對(duì)均勻組裝的納米晶體和其他納米材料相比,細(xì)菌衍生的顆粒在它們的組成和劃分方面是不同的。此外,由于缺乏基因組DNA,這些顆粒無(wú)法復(fù)制,但仍保留了細(xì)菌細(xì)胞的部分結(jié)構(gòu)和功能。

Shen H, et al. Adv Drug Deliv Rev. 2022 

以下將簡(jiǎn)要總結(jié)顆粒的性質(zhì)、它們的生產(chǎn)方法和它們的潛在應(yīng)用。

細(xì)菌膜影 (BGs)

  • 生產(chǎn)方法

BGs是細(xì)菌的空細(xì)胞包膜,主要通過(guò)以下兩種方法產(chǎn)生:

1)在革蘭氏陰性菌中通過(guò)φX174噬菌體裂解蛋白E介導(dǎo)的溫和裂解,已經(jīng)證明,蛋白質(zhì)E在革蘭氏陰性菌中的重組表達(dá)導(dǎo)致細(xì)菌細(xì)胞裂解和BGs的產(chǎn)生;

2)革蘭氏陽(yáng)性菌中通過(guò)化學(xué)還原方案產(chǎn)生,因?yàn)榈鞍踪|(zhì)E在革蘭氏陽(yáng)性菌中的表達(dá)導(dǎo)致細(xì)胞死亡不裂解。

蛋白E是一種由91個(gè)氨基酸組成的多肽,可通過(guò)寡聚作用穿透細(xì)菌內(nèi)外膜的跨膜通道。在電子顯微鏡下,在蛋白E介導(dǎo)的大腸桿菌裂解過(guò)程中,觀察到直徑從40到200 nm不等的E裂解隧道。在高分辨率掃描電子顯微鏡中,在 E 裂解通道外觀察到排出云,表明細(xì)胞質(zhì)內(nèi)容物快速排出。

  • 顆粒性質(zhì)

由于E裂解隧道融合內(nèi)膜外膜,從而封閉了細(xì)菌的周質(zhì)。使BGs具有以下性質(zhì):

?? 不含細(xì)胞質(zhì)成分;

?? 保留細(xì)胞形態(tài)大多數(shù)表面結(jié)構(gòu),包括外膜和內(nèi)膜,以及堅(jiān)硬的肽聚糖層;

??保存了天然細(xì)菌的免疫原性元件,包括LPS、單磷酰脂A和鞭毛;

?? Toll樣受體(TLR)識(shí)別免疫原性元件,因此來(lái)自病原菌的BGs也能夠觸發(fā)先天免疫反應(yīng)。

  • 潛在應(yīng)用

由于BGs不具有感染風(fēng)險(xiǎn),其固有的佐劑特性使其成為通用的疫苗佐劑候選物。

此外,在細(xì)菌中表達(dá)的重組膜蛋白也與完整的膜結(jié)構(gòu)一起保存在BGs中。通過(guò)外源抗原蛋白膜錨定蛋白的重組融合,BGs可以被設(shè)計(jì)成在其外膜或內(nèi)膜上展示所選擇的抗原蛋白。通過(guò)這種方式,BGs可以作為載體將外來(lái)抗原運(yùn)送給抗原呈遞細(xì)胞,并刺激針對(duì)特定病原體的免疫反應(yīng)。因此,這些重組BGs正在被評(píng)估為針對(duì)更廣泛范圍的傳染病的候選疫苗。

這些BGs保留了高活性的免疫原性元件,并對(duì)致病性天然菌株提供了顯著的保護(hù)作用。此外,來(lái)自這些細(xì)菌的BGs也正在被探索用于運(yùn)送其他病原微生物的重組抗原。

微細(xì)胞

  • 生產(chǎn)方法

微細(xì)胞是在異常細(xì)胞分裂過(guò)程中產(chǎn)生的納米大小的細(xì)菌細(xì)胞(100到400nm)。在各種細(xì)菌中,操縱細(xì)胞分裂介質(zhì)Min系統(tǒng)會(huì)導(dǎo)致產(chǎn)生微細(xì)胞。

例如,在大腸桿菌中,三種蛋白質(zhì),即MinC,MinD和MinE,協(xié)同調(diào)節(jié)細(xì)胞分裂隔膜的正確定位,其中原核同源微管蛋白FtsZ形成環(huán)狀結(jié)構(gòu)(Z環(huán))并啟動(dòng)細(xì)胞分裂。在一些分裂細(xì)胞中,minCDE基因的缺失導(dǎo)致在非染色體的兩極出現(xiàn)錯(cuò)位的Z-環(huán),最終導(dǎo)致細(xì)胞分裂后形成微細(xì)胞。

  • 顆粒性質(zhì)

微細(xì)胞從親本細(xì)胞中繼承了大部分細(xì)胞成分,含有完整的肽聚糖細(xì)胞壁、細(xì)胞膜、核糖體、蛋白質(zhì)、RNA和質(zhì)粒DNA,但沒(méi)有染色體。結(jié)果,微細(xì)胞不能復(fù)制,但它們?cè)谖⑿蜕项愃朴谡<?xì)胞并維持大多數(shù)細(xì)胞功能。

  • 潛在應(yīng)用

與BGs一樣,微細(xì)胞也被探索為候選疫苗和佐劑,因?yàn)樗鼈冊(cè)诖碳に拗飨忍烀庖叻矫婢哂泻芨叩男?。微?xì)胞優(yōu)于BGs,因?yàn)樗鼈兊某叽绺?,具有完整的膜?xì)胞功能,并且在革蘭氏陰性和革蘭氏陽(yáng)性細(xì)菌中產(chǎn)生。除了存在于BGs和微細(xì)胞中的表面抗原外,后者還具有功能性的分泌系統(tǒng)。

除了候選疫苗,微細(xì)胞也被認(rèn)為是納米顆粒,并已在各種研究中被評(píng)估為癌癥治療的藥物輸送容器。

細(xì)胞膜囊泡

  • 生產(chǎn)方法

細(xì)菌膜囊泡 (BMVs) 是細(xì)菌衍生的基于脂質(zhì)的球形納米顆粒,甚至比微細(xì)胞 (20至400nm) 還要小。

根據(jù)囊泡膜的來(lái)源,BMVs可進(jìn)一步分為:

? 外膜囊泡(OMVs)

? 爆炸性外膜囊泡(EOMVs)

? 外-內(nèi)膜囊泡(OIMVs)

? 細(xì)胞質(zhì)膜囊泡(CMVs)

源自革蘭氏陽(yáng)性和革蘭氏陰性菌的細(xì)菌膜囊泡

Shen H, et al. Adv Drug Deliv Rev. 2022 

典型的OMVs是在革蘭氏陰性細(xì)菌中通過(guò)外膜的氣泡形成的,并且富含周質(zhì)蛋白。

在噬菌體衍生的內(nèi)毒素存在下,肽聚糖層的降解將導(dǎo)致細(xì)菌細(xì)胞的爆炸性裂解,從而產(chǎn)生雙層OIMVs和EOMVs。

革蘭氏陽(yáng)性細(xì)菌不具有外膜層,通過(guò)內(nèi)毒素介導(dǎo)的氣泡細(xì)胞死亡產(chǎn)生CMVs

  • 顆粒性質(zhì)

在所研究的多種細(xì)菌物種中,發(fā)現(xiàn)OIMVs特異性包裹DNA,包括質(zhì)粒和染色體DNA,而EOMVs包含任意內(nèi)容。CMVs包含一系列細(xì)胞質(zhì)內(nèi)容物

  • 潛在應(yīng)用

鑒于脂質(zhì)體的藥物遞送系統(tǒng)的最新進(jìn)展,LNPs和 BMVs作為替代藥物傳遞載體引起了極大的興趣。

也有通過(guò)電穿孔將治療性siRNAs裝載到OMVs中,并系統(tǒng)地將其注射到荷瘤小鼠體內(nèi),從而導(dǎo)致靶向基因沉默顯著抑制腫瘤的生長(zhǎng)

除了癌癥,BMVs還被用于治療炎癥性疾病。源自腸道共生多形擬桿菌的OMVs被設(shè)計(jì)用于封裝和遞送重組人角質(zhì)形成細(xì)胞生長(zhǎng)因子-2 (KGF-2),用于治療小鼠模型中的結(jié)腸炎。OMVs的包封顯示在消化系統(tǒng)的傳代過(guò)程中穩(wěn)定了KGF-2

結(jié)

語(yǔ)

基于細(xì)菌的藥物輸送系統(tǒng)來(lái)靶向多種疾病通常比傳統(tǒng)的藥物輸送方法具有一些優(yōu)勢(shì)。

對(duì)這些藥物輸送系統(tǒng)的進(jìn)一步改進(jìn),如加入感官模塊,通過(guò)確保僅在疾病狀態(tài)下采取有針對(duì)性的行動(dòng),提高了它們的安全性和有效性。

此外,通過(guò)利用某些細(xì)菌的天然腫瘤定植能力,可能具有廣泛治療有效載荷的有效抗癌療法。

最后,細(xì)菌衍生的非染色體顆粒為高度可定制的藥物輸送系統(tǒng)提供了一個(gè)平臺(tái),該系統(tǒng)可以系統(tǒng)地給藥,特別是作為疫苗或輔助治療。

基于工程益生菌的療法已經(jīng)在進(jìn)行臨床試驗(yàn)。這些治療劑通常通過(guò)粘膜或皮膚給藥局部應(yīng)用。為了確?;诩?xì)菌的藥物輸送系統(tǒng)的成功臨床轉(zhuǎn)化,需遵循各種健康監(jiān)管。

總之,基于細(xì)菌的藥物輸送系統(tǒng)憑借其良好的安全性方便的給藥途徑、高定制潛力優(yōu)越的療效,有望滿足患者的醫(yī)療需求,并開(kāi)創(chuàng)藥物輸送的新時(shí)代。

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