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硬核生物信息學(xué)系列匯總

 新用戶4064dVjo 2025-05-24 發(fā)布于北京

01

 R語言基礎(chǔ)

Scientific Research

觀觀老師

手把手教你組學(xué)分析！

R語言 | 第1期. 聽說你因?yàn)椴粫?huì)安裝R包而放棄入門R語言？


R語言 | 第2期. 文件導(dǎo)入

R語言 | 第3期. 讓你對(duì)自己的數(shù)據(jù)明明白白

R語言 | 第4期. 從原始數(shù)據(jù)到可視化結(jié)果，這個(gè)必會(huì)的技能你學(xué)會(huì)了嗎


R語言 | 第5期. 你知道如何快速篩選你的變量和觀測(cè)樣本嗎？

R語言 | 第6期. 變量修改大全

R語言 | 第7期. 數(shù)據(jù)合并大全

R語言 | 第8期. R語言繪圖臨門一腳

R語言 | 第9期. 匯總數(shù)據(jù)加速包

R語言 | 第10期. 字符串匹配，小菜一碟！



R語言 | 第11期. 字符串修改

R語言 | 第12期. 字符串排序、拼接和分割

R語言 | 第13期. apply家族入門應(yīng)用

R語言 | 第14期. ggplot2初識(shí)

R語言 | 第15期. ggplot2柱狀圖系列

R語言 | 第16期. ggplot2氣泡圖系列

R語言 | 第17期. 讓chatGPT教你ggplot2

R語言 | 第18期. 無代碼ggplot2不香嗎？

R語言 | 第19期. 無代碼ggplot2不香嗎？-第二彈

R包｜第1期. 緒論
R包｜第2期. 你真的了解Dotplot嘛？
R包｜第3期. 單細(xì)胞上游！Cellranger包全解！

02

Bulk RNA測(cè)序

Scientific Research

Bulk RNA-seq | 第1期. 快2024年了，還有必要學(xué)習(xí)Bulk RNA-seq？
Bulk RNA-seq | 第2期. 零基礎(chǔ)畫主成分分析(PCA)圖
Bulk RNA-seq | 第3期. 基因ID轉(zhuǎn)換，一鍵搞定
Bulk RNA-seq | 第4期. 差異分析三巨頭，該了解一下了

Bulk RNA-seq | 第5期. 關(guān)于熱圖，你所不知道的

Bulk RNA-seq | 第6期. 火山圖，不是你想的那樣

Bulk RNA-seq | 第7期. GO富集，我收藏了

Bulk RNA-seq | 第8期. KEGG富集，我收藏了

Bulk RNA-seq | 第9期. GSEA富集，不一樣的富集分析

Bulk RNA-seq | 第10期. GSVA富集，給富集分析畫一個(gè)句號(hào)

小白也能看懂的Bulk RNA-seq思路 | 第1期. 運(yùn)用轉(zhuǎn)錄組測(cè)序繪制疾病圖譜
小白也能看懂的Bulk RNA-seq思路 | 第2期. 不知道研究哪個(gè)分子哪條通路？轉(zhuǎn)錄組測(cè)序來幫你！
小白也能看懂的Bulk RNA-seq思路 | 第3期. 還是太全面了！轉(zhuǎn)錄組測(cè)序?qū)ふ翌A(yù)后相關(guān)細(xì)胞類型和靶基因+揭示下游分子通路

03

圖解單細(xì)胞RNA測(cè)序

Scientific Research

圖解單細(xì)胞 | 第1期. UMAP或tSNE降維聚類（再不上車，你就真的錯(cuò)過了?。?/a>

圖解單細(xì)胞 | 第2期. pseudo-bulk將scRNA-seq數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)化為bulk RNA-seq數(shù)據(jù)

圖解單細(xì)胞 | 第3期. 驚！看完這篇，我竟學(xué)會(huì)了單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序組學(xué)最常見的熱圖

圖解單細(xì)胞 | 第4期. 尋找疾病致病細(xì)胞或保護(hù)細(xì)胞，原來是用這種方法！

圖解單細(xì)胞 | 第5期. 這種形似樹枝的圖到底怎么看

圖解單細(xì)胞 | 第6期. 好不容易看懂了UMAP圖，但為什么細(xì)胞上又有箭頭了呢

圖解單細(xì)胞 | 第7期. 圓圈和復(fù)雜的連線

圖解單細(xì)胞 | 第8期. 富集分析里的MM豆，也能吃嗎？

圖解單細(xì)胞 | 第9期. 除了GO，KEGG，還能用什么富集分析？

圖解單細(xì)胞 | 第10期. 單細(xì)胞分子層面分析——轉(zhuǎn)錄因子分析

圖解單細(xì)胞 | 第11期. 單細(xì)胞研究思路？看完這篇你就明白

圖解單細(xì)胞 | 第12期. 如何整合bulk RNA和scRNA數(shù)據(jù)？

圖解單細(xì)胞 | 第13期. 單細(xì)胞WGCNA分析——hdWGCNA

圖解單細(xì)胞 | 第14期. 單細(xì)胞聯(lián)合GWAS分析



04

單細(xì)胞RNA測(cè)序數(shù)據(jù)分析

Scientific Research

單細(xì)胞測(cè)序 | 第1期. 單細(xì)胞測(cè)序：揭開生命奧秘的鑰匙
單細(xì)胞測(cè)序 | 第2期. 下游數(shù)據(jù)質(zhì)控知多少
單細(xì)胞測(cè)序 | 第3期. Seurat之PBMC分析標(biāo)準(zhǔn)化流程
單細(xì)胞測(cè)序 | 第4期. 寫文章時(shí)需要用到的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序原理
單細(xì)胞測(cè)序 | 第5期. 單細(xì)胞測(cè)序文件面面觀
單細(xì)胞測(cè)序 | 第6期. 10X genomics 上游分析-cellranger介紹
單細(xì)胞測(cè)序 | 第7期.10X genomics 上游分析-cellranger應(yīng)用
單細(xì)胞測(cè)序 | 第8期. 一文打通單細(xì)胞測(cè)序研究思路
單細(xì)胞測(cè)序 | 第9期. Zenodo一個(gè)寶藏公共數(shù)據(jù)庫和單細(xì)胞的不解之緣
單細(xì)胞測(cè)序 | 第10期. 生物信息學(xué)必須了解的數(shù)據(jù)庫
單細(xì)胞測(cè)序 | 第11期. 不會(huì)還有人不知道這個(gè)免費(fèi)一年的云服務(wù)吧！？
單細(xì)胞測(cè)序 | 第12期. 單細(xì)胞分析數(shù)據(jù)下載、導(dǎo)入和合并
單細(xì)胞組學(xué) | 第13期. 單細(xì)胞測(cè)序中竟然存在雙細(xì)胞？
單細(xì)胞組學(xué) | 第14期. 想發(fā)單細(xì)胞測(cè)序文章？這一步必學(xué)！
單細(xì)胞組學(xué) | 第15期. 一份強(qiáng)烈推薦收藏的細(xì)胞周期校正寶典！
單細(xì)胞組學(xué) | 第16期. 不可不知的單細(xì)胞流程
單細(xì)胞組學(xué)｜第17期. 找到Cluster的領(lǐng)頭羊
單細(xì)胞組學(xué)｜第18期. 單細(xì)胞注釋不再是煩惱！
單細(xì)胞組學(xué)｜第19期. 單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析的核心環(huán)節(jié)，必學(xué)！
單細(xì)胞組學(xué) | 第20期. 美無極限——卷起來的UMAP圖美化方案
單細(xì)胞組學(xué) |  第21期. 點(diǎn)亮數(shù)據(jù)星空——Dotplot圖繪制技巧揭秘
單細(xì)胞組學(xué) |  第22期. 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組基礎(chǔ)分析流程詳解
單細(xì)胞組學(xué) | 第23期. 單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析的靈魂，學(xué)起來！
單細(xì)胞組學(xué) | 第24期. 找到屬于你的細(xì)胞亞群！
單細(xì)胞組學(xué) ｜第25期. 單細(xì)胞亞群細(xì)分
單細(xì)胞組學(xué)｜第26期. 一個(gè)函數(shù)搞定單細(xì)胞富集分析！

單細(xì)胞組學(xué)｜第27期. 想發(fā)高分？干濕結(jié)合才是王炸！

單細(xì)胞組學(xué) | 第28期. 擬時(shí)序分析，看這里！

單細(xì)胞思路 | 第1期 必學(xué)習(xí)的最常規(guī)單細(xì)胞思路 | 第2期 單細(xì)胞中的資源庫
單細(xì)胞思路 | 第3期 找到靶點(diǎn)分子后可以直接測(cè)序！
單細(xì)胞思路 | 第4期 預(yù)測(cè)標(biāo)志物，單細(xì)胞和疾病穩(wěn)穩(wěn)聯(lián)系！
有手就會(huì)的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組 | 1.數(shù)據(jù)導(dǎo)入
有手就會(huì)的scRNA-seq ｜2.Seurat對(duì)象
有手就會(huì)的scRNA-seq ｜3.質(zhì)控思路
有手就會(huì)的scRNA-seq｜4. 為什么老是畫不好小提琴圖？
有手就會(huì)的scRNA-seq｜5. 還在糾結(jié)雙細(xì)胞質(zhì)控方法嗎！一文說清楚
有手就會(huì)的scRNA-seq｜6. 不讀完這篇，都不敢說自己懂單細(xì)胞質(zhì)控！
有手就會(huì)的scRNA-seq｜7. 單細(xì)胞批次效應(yīng)，最全攻略！
有手就會(huì)的scRNA-seq｜8. 不搞懂這“三步走”，別說你會(huì)單細(xì)胞分析！


































 

05

代謝組學(xué)

Scientific Research

代謝組學(xué) | 第1期. 2024年了，上車代謝組學(xué)還不晚

代謝組學(xué) | 第2期. 關(guān)于代謝組學(xué)，你必須了解的事

代謝組學(xué) | 第3期. 即將發(fā)車，快來學(xué)習(xí)代謝組學(xué)基本流程與技術(shù)

代謝組學(xué) | 第4期. 快來學(xué)，一文掌握代謝組學(xué)上游分析

代謝組學(xué) | 第5期. 代謝組學(xué)多元統(tǒng)計(jì)分析，你學(xué)會(huì)了嗎

代謝組學(xué) | 第6期. 富集分析，代謝組學(xué)也要有！

代謝組學(xué) | 第7期. 圖解代謝組學(xué)，有圖有真相

代謝組學(xué) | 第8期. 有圖有真相，代謝組學(xué)圖解之多組學(xué)進(jìn)階

代謝組學(xué) | 第9期. 代謝組學(xué)升級(jí)到空間層面會(huì)發(fā)生什么


代謝組思路 | 第1期. 代謝組學(xué)基本思路——描繪圖譜&尋找新藥治療靶點(diǎn)

代謝組思路 | 第2期. 代謝組學(xué)思路從基礎(chǔ)到進(jìn)階——識(shí)別高?；颊?預(yù)測(cè)預(yù)后

代謝組思路 | 第3期. 代謝組學(xué)思路進(jìn)階——預(yù)測(cè)預(yù)后

代謝組思路 | 第4期. 代謝組學(xué)聯(lián)合轉(zhuǎn)錄組學(xué)，助力代謝重編程

（更新于2025-05-20）

讓醫(yī)學(xué)科研有跡可循

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