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【原】單倍型分析：個(gè)體所對(duì)應(yīng)的單倍型是？

 育種數(shù)據(jù)分析 2025-05-16 發(fā)布于河南
大家好，我是鄧飛。
前幾天寫了一些單倍型分析的博客：如何計(jì)算群體中的單倍型頻率，單倍型的顯著性分析，以及介紹了為何要做單倍型分析：GWAS分析完，要做單倍型圖，還要做單倍型的顯著性分析？
然后有小伙伴留言，想知道每一個(gè)個(gè)體對(duì)應(yīng)的單倍型是哪一個(gè)？
既然小伙伴問了，那就寫一篇吧。
數(shù)據(jù)還是用之前Haploview的數(shù)據(jù)，單倍型分析全套教程參考：從入門到出家：?jiǎn)伪缎虷aploview分析（萬字詳解），配套數(shù)據(jù)：
1，先看一下文件單倍型劃分
發(fā)現(xiàn)，10號(hào)染色體的，這個(gè)區(qū)間，有幾個(gè)位點(diǎn)位于一個(gè)block里面。
2，提取block的文件
看一下map數(shù)據(jù)：
沒問題，就是這幾個(gè)。
3，將數(shù)據(jù)變?yōu)関cf
4，使用geneHapR包處理vcf
## 導(dǎo)入基因型vcf數(shù)據(jù)library(geneHapR)
vcf = import_vcf("df2.vcf")
# 單倍型分型hapResult <- vcf2hap(vcf)
write.csv(hapResult,"df2-1-hapresult.csv")
結(jié)果文件：
上面結(jié)果中，共有11個(gè)單倍型，每個(gè)個(gè)體都會(huì)給出具體的單倍型分型。

分割線

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