科室從成立伊始，就得到了醫(yī)院領(lǐng)導(dǎo)及職能部門的重點(diǎn)支持，醫(yī)院整合胃腸外科、肝膽外科、消化內(nèi)科、內(nèi)分泌及皮膚病醫(yī)院等多個(gè)相關(guān)診療平臺(tái)，致力于微生態(tài)領(lǐng)域的學(xué)科建設(shè)和臨床研究，設(shè)立腸道微生態(tài)專家及專病門診，同時(shí)高標(biāo)準(zhǔn)籌建了腸道微生態(tài)診療實(shí)驗(yàn)室，圍繞：1.嚴(yán)格篩選微生態(tài)治療適應(yīng)癥患者，2.提倡風(fēng)險(xiǎn)人群的早期預(yù)防及早期診療，3.規(guī)范化及精準(zhǔn)化微生態(tài)治療策略，4.豐富優(yōu)化傳統(tǒng)治療方案，5.建立多學(xué)科特色綜合診療模式（MDT），6.針對(duì)中國(guó)人群研發(fā)具有特色的微生態(tài)制劑等六個(gè)方面，開展深入的臨床研究與合作。團(tuán)隊(duì)陸續(xù)開展了FMT菌液治療各類型腸功能障礙疾病、FMT口服膠囊質(zhì)量控制等臨床研究。團(tuán)隊(duì)2017年在國(guó)際期刊發(fā)表的FMT治療慢傳輸型便秘的隨機(jī)對(duì)照研究結(jié)果顯示，F(xiàn)MT組臨床治愈率和改善率分別達(dá)36.7%和53.3%，遠(yuǎn)高于當(dāng)前常用的新型腸道促動(dòng)力藥（普盧卡必利）療效，為FMT治療便秘提供了高質(zhì)量的證據(jù)支持。

針對(duì)臨床實(shí)踐過程中發(fā)現(xiàn)的介入移植途徑不良反應(yīng)多以及患者需要反復(fù)多次移植的問題，團(tuán)隊(duì)研制出了可以口服的耐酸羥丙甲纖維素膠囊殼包裹的腸道全菌譜干粉活菌膠囊，結(jié)合真空冷凍干燥技術(shù)，設(shè)計(jì)出的FMT膠囊具有較高的活菌量，同時(shí)兼具耐酸性及穩(wěn)定性，臨床應(yīng)用效果良好，深受廣大臨床患者歡迎，創(chuàng)建了菌群移植臨床治療新路徑。

團(tuán)隊(duì)總結(jié)腸功能障礙診療的經(jīng)驗(yàn)，首次在國(guó)內(nèi)命名了腸道微生態(tài)療法，即利用菌群移植、益生菌、益生元及營(yíng)養(yǎng)支持等技術(shù)來改善患者腸道功能及微生態(tài)環(huán)境，從而實(shí)現(xiàn)腸道內(nèi)和腸道外疾病的有效治療。該療法為難辨艱難梭菌感染、功能性胃腸病、慢性便秘及腹瀉等復(fù)雜腸道疾病的治療提供了新模式，已成功治療6000余例，取得良好的治療效果，獲得廣大患者及國(guó)內(nèi)外專業(yè)學(xué)界的認(rèn)可和贊譽(yù)。中央電視臺(tái)《新聞聯(lián)播》及《科技之光》專題報(bào)道該項(xiàng)技術(shù)的成功應(yīng)用。研究成果“腸道微生態(tài)介導(dǎo)慢性共病的發(fā)生及干預(yù)策略”榮獲2018年上海醫(yī)學(xué)科技獎(jiǎng)一等獎(jiǎng)。系列研究論文《菌群移植治療腸道疾病分析》作為國(guó)內(nèi)目前最大樣本量FMT臨床報(bào)道，獲評(píng)2018年中華醫(yī)學(xué)百篇優(yōu)秀論文。

2020年6月，科室依托中華醫(yī)學(xué)會(huì)腸外腸內(nèi)營(yíng)養(yǎng)學(xué)分會(huì)?中國(guó)國(guó)際醫(yī)療保健促進(jìn)交流會(huì)加速康復(fù)外科分會(huì)?中國(guó)微生態(tài)治療創(chuàng)新聯(lián)盟和上海預(yù)防醫(yī)學(xué)會(huì)微生態(tài)專業(yè)委員會(huì)，作為牽頭單位制定了我國(guó)《菌群移植標(biāo)準(zhǔn)化方法學(xué)及臨床應(yīng)用》和《菌群移植途徑的選擇與建立》兩部專家共識(shí)，以期提高FMT的療效，降低不良反應(yīng)的發(fā)生率，促進(jìn)FMT的臨床應(yīng)用推廣?2020年9月，科室受邀組織起草了《上海市菌群移植技術(shù)管理規(guī)范》，成為上海市唯一的菌群移植技術(shù)培訓(xùn)和質(zhì)控單位。中心建立了一整套規(guī)章管理制度及風(fēng)險(xiǎn)控制方案，確保能為臨床患者提供規(guī)范化的菌群移植技術(shù)，通過該治療手段的引入，將大大優(yōu)化針對(duì)菌群紊亂疾病的多學(xué)科治療方案。

為提升我國(guó)菌群移植的發(fā)展，本中心牽頭成立了中國(guó)微生態(tài)診療聯(lián)盟，率先成立了中華標(biāo)準(zhǔn)菌群庫，該庫集功能菌株的開發(fā)、菌群移植的制備與質(zhì)控、供體的篩選與管理、大數(shù)據(jù)隨訪體系的建立與管理于一體，建成了符合功能菌和菌群移植臨床要求的樣本庫、P2實(shí)驗(yàn)室和GMP車間，進(jìn)一步引領(lǐng)了我國(guó)微生態(tài)領(lǐng)域的長(zhǎng)遠(yuǎn)發(fā)展。

與其他新的醫(yī)學(xué)技術(shù)一樣，腸道菌群移植術(shù)遵循“尊重、有利、不傷害、公正”的醫(yī)學(xué)倫理學(xué)原則。就如幽門螺旋桿菌的發(fā)現(xiàn)變革了胃潰瘍的治療一樣，菌群移植技術(shù)的應(yīng)用必將革命性地促進(jìn)腸功能障礙疾病的治療，將有力推動(dòng)腸道微生態(tài)技術(shù)的臨床規(guī)范應(yīng)用，造福更多患者。