2020国产成人精品视频,性做久久久久久久久,亚洲国产成人久久综合一区,亚洲影院天堂中文av色

分享

生信大數(shù)據(jù)時(shí)代TCGA萬能分析工具

 文靜ht5ikmva66 2019-07-12

cBioPortal

在生物信息領(lǐng)域,高通量數(shù)據(jù)非常重要,畢竟誰也不想感受“巧婦無米之炊”的窘迫。隨著大數(shù)據(jù)時(shí)代的到來,各種大型生物公共數(shù)據(jù)庫也不斷完善,其中就包括The Cancer Genome Atlas(TCGA)數(shù)據(jù)庫。TCGA數(shù)據(jù)源大部分都是公開的,如何有效的進(jìn)行收集(機(jī)械的鼠標(biāo)操作)和預(yù)處理是一個(gè)頭疼的問題。

目前來能夠從TCGA數(shù)據(jù)庫中提取數(shù)據(jù)的處理工具有很多:

cBioPortal(http://www.)

UALCAN(http://ualcan.path./index.html )

starbase3.0(http://starbase./ )是常用的,上圖來源于2018年的一篇cell(PMID: 29625050)

今天小編想給大家簡(jiǎn)單介紹下cBioPortal。該工具極大的方便了生物信息研究者獲取數(shù)據(jù),而且其中的數(shù)據(jù)集多數(shù)為已發(fā)表的數(shù)據(jù)集,增大了樣本的可研究性。但是使用起來還是有一定的局限性。

首先進(jìn)入數(shù)據(jù)入口的主界面:

在cBioPortal中你可以完成visualize,analyze,discover三種功能。目前包含了88個(gè)已發(fā)表的癌癥研究中的20263個(gè)癌癥樣本。

那么該工具除了引用頻率高之外,具體可以實(shí)現(xiàn)那些功能呢?我們引用一篇文獻(xiàn)(PMID:28930697)的圖片結(jié)果(Fig5)給大家展示一下。

想要做的上圖的內(nèi)容(突變熱圖、元件圖、預(yù)后分析等),需要掌握cbioportal數(shù)據(jù)的操作流程。

讓我們先看下數(shù)據(jù)的查詢功能:

1.Select Cancer Study,例如我們選擇2013年MSKCC在Nat Genet上發(fā)表的 “The mutational landscape of adenoid cystic carcinoma.”

2.Select Genomic Profiles 分為突變譜和拷貝數(shù)譜

3. Select Patient/Case Set:選擇樣本集合,也可以用戶自定義樣本

4.Enter Gene Set:輸入基因集合,某一通路或者生物學(xué)過程中的基因或者是用戶自定義基因集合。

之后我們可以看到該基因集合在樣本中的改變情況,例如紅色代表擴(kuò)增,綠色代表突變,可以將圖片以pdf或者svg形式保存到當(dāng)?shù)亍?/p>

基因間的互斥性(mutually exclusive)和共發(fā)生性。

查看每個(gè)基因在樣本中突變的情況

以基因集合中改變的樣本和非改變的樣本之間做生存曲線(很明顯該例子并沒有明顯分開)。

網(wǎng)絡(luò)分析這部分比較有意思除了包含已知的基因集合還包括發(fā)現(xiàn)的改變的鄰居基因,而且我們還可以顯示基因的藥物靶點(diǎn)。

最后該入口提供了IGV可視化拷貝數(shù)變異的功能和下載功能。

那么,cbioportal數(shù)據(jù)庫還可以實(shí)現(xiàn)哪些重要的功能,以及怎么實(shí)操呢?具體可以關(guān)注我們的TCGA數(shù)據(jù)庫生信學(xué)習(xí)班。計(jì)劃如下:

要點(diǎn)預(yù)覽

全國TCGA,GEO生信高通量數(shù)據(jù)挖掘?qū)n}學(xué)習(xí)班

 第7期成都班:2019/07/13-14(12號(hào)報(bào)到)

第8期廣州班:2019/08/08-09(7號(hào)報(bào)到)

培訓(xùn)簡(jiǎn)介

癌癥是臨床醫(yī)學(xué)中非常重要的疾病方向。TCGA數(shù)據(jù)庫中包含了常見了40種癌癥方向(含30000個(gè)樣本)的高通量數(shù)據(jù)及臨床信息。大家對(duì)TCGA數(shù)據(jù)庫的使用近幾年也在逐漸增加!如圖1所示。

圖1 基于 pubmed數(shù)據(jù)庫檢索的包含“TCGA”發(fā)表的SCI 文章數(shù)量(2018年11月7日)

關(guān)鍵靶標(biāo)分析是指基于生信的方法從高通量數(shù)據(jù)中挖掘到與研究方向最相關(guān)的靶標(biāo)基因(mRNA,miRNA,lncRNA或蛋白)。

因此,需要我們自己掌握高通量數(shù)據(jù)挖掘的能力以及邏輯性的生信分析思路,從海量信息中獲得自己想要的關(guān)鍵基因!

培訓(xùn)預(yù)期:

1. 通過整整兩天的培訓(xùn),掌握TCGA,GEO數(shù)據(jù)庫的使用、下載及分析思路和實(shí)用操作技能。

2. 可以獨(dú)立完成一篇基于公共數(shù)據(jù)庫的高通量數(shù)據(jù)挖掘分析。

3. 課后還可以贈(zèng)送1小時(shí)的全場(chǎng)串聯(lián)視頻,用于學(xué)員的復(fù)習(xí)。

4. 贈(zèng)送一份最近5年的高價(jià)值國自然標(biāo)書(醫(yī)藥加高價(jià)值標(biāo)書庫里面選擇)

5. 講師團(tuán)隊(duì)贈(zèng)送TCGA數(shù)據(jù)庫甲基化,基因表達(dá)譜整合分析報(bào)告與疾病mRNA+lncRNA分析報(bào)告。

講師簡(jiǎn)介

宋偉博士

研究成果:參與完成了近百篇軟件著作權(quán)和發(fā)明專利的撰寫和申請(qǐng);肺癌、胰腺癌、骨肉瘤、胃癌等數(shù)據(jù)庫的分析和構(gòu)建;完成個(gè)體基因檢測(cè)流程和無創(chuàng)唐篩流程的開發(fā)。

研究方向:有近十年的生信分析經(jīng)驗(yàn),擅長(zhǎng)方向有轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析、芯片數(shù)據(jù)分析、疾病機(jī)理研究分析、疾病預(yù)后與基因關(guān)聯(lián)分析、項(xiàng)目分析思路設(shè)計(jì)以及個(gè)性化分析等,精通perl、R等編程語言。

培訓(xùn)經(jīng)歷:在上海、沈陽、濟(jì)南、武漢等城市舉辦過十幾場(chǎng)培訓(xùn)班。培訓(xùn)的對(duì)象有:醫(yī)生、學(xué)生、科研工作者、生信愛好者等。

培訓(xùn)方向:《測(cè)序與芯片數(shù)據(jù)分析》、《生物信息學(xué)的魅力》、《生信文章實(shí)例解讀》、《生信與實(shí)驗(yàn)的密切關(guān)系》、《生信與臨床醫(yī)學(xué)的關(guān)系》、《生信實(shí)用工具培訓(xùn)》、《多組學(xué)整合分析流程》、《R語言培訓(xùn)》等

課程安排

分析示例圖

     示例圖 通路富集分析結(jié)果圖   

    

示例圖 聚類熱圖分析

                    

   示例圖 GO富集分析結(jié)果圖

                                    

示例圖 蛋白互作網(wǎng)絡(luò)圖

     

  示例圖 pathway map圖 

 

 示例圖 關(guān)鍵基因的KM生存曲線圖

學(xué)習(xí)費(fèi)用

2800元/每位(學(xué)習(xí)費(fèi)包含電子版教材、午餐,住宿費(fèi)自理,保證學(xué)員完全掌握。)

優(yōu)惠政策:

1. 提前支付轉(zhuǎn)賬的可提前拿到學(xué)習(xí)資料

2. 三人組團(tuán)報(bào)名,每人收費(fèi)2700元

3.  四人組團(tuán)報(bào)名,每人收費(fèi)2600元

4.  五人組團(tuán)報(bào)名繳費(fèi),額外帶一人免費(fèi)注冊(cè)! 

可以開正規(guī)會(huì)務(wù)發(fā)票,紙質(zhì)邀請(qǐng)函(蓋紅章)。 

注意事項(xiàng):攜帶windows系統(tǒng)的電腦,蘋果電腦請(qǐng)務(wù)必提前做好雙系統(tǒng)?,F(xiàn)場(chǎng)不得錄音錄像。

    本站是提供個(gè)人知識(shí)管理的網(wǎng)絡(luò)存儲(chǔ)空間,所有內(nèi)容均由用戶發(fā)布,不代表本站觀點(diǎn)。請(qǐng)注意甄別內(nèi)容中的聯(lián)系方式、誘導(dǎo)購買等信息,謹(jǐn)防詐騙。如發(fā)現(xiàn)有害或侵權(quán)內(nèi)容,請(qǐng)點(diǎn)擊一鍵舉報(bào)。
    轉(zhuǎn)藏 分享 獻(xiàn)花(0

    0條評(píng)論

    發(fā)表

    請(qǐng)遵守用戶 評(píng)論公約

    類似文章 更多