繪制高質量的曼哈頓圖，就用CMplot包啦！

生物_醫(yī)藥_科研 2019-07-10

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在Genome-wide association study（GWAS，全基因組關聯(lián)研究）關聯(lián)分析的時候，我們經常會看到一些非常漂亮的曼哈頓圖，能對候選位點的分布和數值一目了然。

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那么如何繪制好看的曼哈頓圖呢？

就用R語言中CMplot包，幫你繪制高質量的曼哈頓圖。

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1. 安裝CMplot包

> install.packages('CMplot')

> library('CMplot')

#首先讀取數據

> data(pig60K) #CMplot包中自帶數據，SNP位點信息表

> head(pig60K) #顯示部分數據，第一列是SNP的名稱，第二列是SNP所在染色體名字，第三列是SNP的位置，后面幾列為不同特征的P值

2. 函數及主要參數如下：

CMplot(Pmap,col=c('#377EB8','#4DAF4A','#984EA3','#FF7F00'),bin.size=1e6,pch=19,band=1,cir.band=0.5,H=1.5,ylim=NULL,cex.axis=1,plot.type='b',multracks=FALSE,cex=c(0.5,1,1),r=0.3,xlab='Chromosome',ylab=expression(-log[10](italic(p))),xaxs='i',yaxs='r',outward=FALSE,threshold=NULL,threshold.col='red',threshold.lwd=1, threshold.lty=2, amplify=TRUE, chr.labels=NULL,signal.cex=1.5,signal.pch=19,signal.col='red',signal.line=1,cir.chr=TRUE,cir.chr.h=1.5, chr.den.col=c('darkgreen', 'yellow','red'),cir.legend=TRUE,cir.legend.cex=0.6,cir.legend.col='black',LOG10=TRUE,box=FALSE,conf.int.col='grey',file.output=TRUE,file='jpg',dpi=300,memo='',verbose=TRUE)

部分參數及其含義：

Pmap：輸入數據文件，數據框。

col：設置染色體中點的顏色。

pch：設置點的形狀。

band：設置染色體之間的間隔。

H：設置每個圈的高度。

bin.size：設置SNP密度圖中的窗口大小。

cex.axis：設置坐標軸字體和標簽字體的大小。

plot.type：設置不同的繪圖類型，可以設定為 'd', 'c', 'm', 'q' or 'b'。

multracks：設置是否需要繪制多個track。

r：設置圈的半徑大小。

threshold：設置閾值并添加閾值線。

amplify：設置是否放大顯著的點。

signal.cex：設置顯著點的大小。

chr.labels：設置染色體的標簽。

cir.legend：設置是否顯示圖例。

file：設置輸出圖片的格式，可以設定為'jpg', 'pdf', 'tiff'。

dpi：設置輸出圖片的分辨度。

memo：設置輸出圖片文件的名字。

其中各個參數更加詳細用法可參看R語言中幫助文檔：?CMplot。

3. 作圖代碼

3.1 示例1 -- SNP密度條形圖

>CMplot(pig60K,plot.type='d',bin.size=1e6,col=c('darkgreen','yellow','red'),file='jpg',memo='',dpi=300,file.output=TRUE, verbose=TRUE) #繪制SNP在不同染色體的分布情況

# users can personally set the windowsize and the max of legend by:

# bin.size=1e6

# bin.max=N

# memo: add a character to the output file name.

3.2 示例2 -- 環(huán)狀圖

>CMplot(pig60K,plot.type='c',chr.labels=paste('Chr',c(1:18,'X'),sep=''),r=0.4,cir.legend=TRUE,outward=FALSE,cir.legend.col='black',cir.chr.h=1.3,chr.den.col='black',file='jpg',memo='',dpi=300,file.output=TRUE,verbose=TRUE)

3.3 示例3 -- 多層圈圖

>CMplot(pig60K,plot.type='c',r=0.4,col=c('grey30','grey60'),chr.labels=paste('Chr',c(1:18,'X'),sep=''),threshold=c(1e-6,1e-4),cir.chr.h=1.5,amplify=TRUE,threshold.lty=c(1,2),threshold.col=c('red','blue'),signal.line=1,signal.col=c('red','green'),chr.den.col=c('darkgreen','yellow','red'),bin.size=1e6,outward=FALSE,file='jpg',memo='',dpi=300,file.output=TRUE,verbose=TRUE)

3.4 示例4 -- 曼哈頓圖

>CMplot(pig60K,plot.type='m',LOG10=TRUE,threshold=NULL,chr.den.col=NULL,file='jpg',memo='',dpi=300,file.output=TRUE,verbose=TRUE)

>CMplot(pig60K,plot.type='m',LOG10=TRUE,ylim=NULL,threshold=c(1e-6,1e-4),threshold.lt=c(1,2),threshold.lwd=c(1,1),threshold.col=c('black','grey'),amplify=TRUE,bin.size=1e6,chr.den.col=c('darkgreen','yellow','red'),signal.col=c('red','green'),signal.cex=c(1,1),signal.pch=c(19,19),file='jpg',memo='',dpi=300,file.output=TRUE,verbose=TRUE)