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本文首發(fā)于 ”百味科研芝士“ 微信公眾號 最近，小編在PUBMED上面發(fā)現(xiàn)一篇文章，就迫不及待的分享給小伙伴們~ 文章的題目也分享給小伙伴們~
下圖是這篇文章介紹TISIDB網(wǎng)站時候的配圖，話說TISIDB整合了五大數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù)資源，對每個基因進(jìn)行十種分析與注釋，夠逼格了吧！
下面，開始我們今天愉快的體驗(yàn)~ 進(jìn)入官網(wǎng)：http://cis./TISIDB/。主頁如下圖所示，該網(wǎng)站只需要我們在右下角搜索框內(nèi)輸入研究基因，本帖以CD47為例，點(diǎn)擊提交。
跳轉(zhuǎn)界面后，點(diǎn)擊CD47基因名。
接下來就進(jìn)入網(wǎng)站的分析界面了 第一個菜單是基因功能注釋，包括三個方面： > Subcellular Location, Domain and Function(亞細(xì)胞定位、結(jié)構(gòu)域和功能) > Gene Ontology(GO) > KEGG and Reactome Pathway（KEGG）
頁面下拉即可查看~ 第二個菜單是文獻(xiàn)： 可以看到紅色方框里面的五大數(shù)據(jù)庫，下拉頁面是該網(wǎng)站引用的來自數(shù)據(jù)庫中的證據(jù)。
第三個菜單：CD47的高通量篩選數(shù)據(jù)集。
第四個菜單：免疫治療。
下拉頁面，第一個圖是各種數(shù)據(jù)集中免疫治療應(yīng)答者和非應(yīng)答者之間CD47的表達(dá)差異。
第二個圖是各種數(shù)據(jù)集中免疫治療應(yīng)答者和非應(yīng)答者之間CD47的突變差異。
第五個菜單：淋巴細(xì)胞
人類癌癥中CD47表達(dá)與免疫抑制劑之間的Spearman相關(guān)性。下拉箭頭所指，可以看拷貝變異數(shù)、甲基化、突變情況與免疫抑制劑之間的Spearman相關(guān)性。
其中X軸是腫瘤類型，Y軸是各種淋巴細(xì)胞。
下面我們以胰腺癌為例，X軸選胰腺癌，Y軸選Act_CD4，點(diǎn)擊Plot，則可看到胰腺癌中CD47與Act_CD4的相關(guān)性分析，如下圖右下所示。
第六個菜單：免疫調(diào)節(jié)劑。包括：免疫增強(qiáng)劑、免疫抑制劑、MHC分子
分別查看胰腺癌中免疫調(diào)節(jié)劑與CD47表達(dá)的相關(guān)性。
第七個菜單：趨化因子。包括趨化因子和受體
分別查看胰腺癌中趨化因子和受體與CD47表達(dá)的相關(guān)性。
第八個菜單：亞型。包括免疫亞型和分子亞型
第一幅圖中左圖是人類癌癥中免疫亞型中CD47表達(dá)的分布。右圖是在胰腺癌中不同免疫亞型中CD47的表達(dá)情況。
第二幅圖中左圖是人類癌癥中分子亞型中CD47表達(dá)的分布。右圖是在胰腺癌中不同分子亞型中CD47的表達(dá)情況。
第九個菜單：臨床。包括OS分析，腫瘤分期、分級
第一幅圖左側(cè)是CD47表達(dá)的各種腫瘤中的生存時間的分布，右側(cè)是是胰腺癌中CD47表達(dá)差異的OS生存曲線。
第二幅圖左圖是具有分期數(shù)據(jù)的各種腫瘤中CD47表達(dá)的分布。右圖是胰腺癌分期與CD47表達(dá)的相關(guān)性分析。
第三幅圖左圖是具有分級數(shù)據(jù)的各種腫瘤中CD47表達(dá)的分布。右圖是胰腺癌分級與CD47表達(dá)的相關(guān)性分析。
第十個菜單：藥靶 CD47基因在該網(wǎng)站上無用藥情況。我們不妨換個基因看看，比如MYC基因。
結(jié)果如下，可以看到以MYC為靶點(diǎn)的藥物是圖中以黑色方框來表示，綠色方框則是該藥物的其他靶點(diǎn)。
最后總結(jié)一下TISIDB網(wǎng)站的優(yōu)勢，數(shù)據(jù)來源于五大數(shù)據(jù)庫，可進(jìn)行十項(xiàng)分析，為用戶提供了一個友好的界面，可以瀏覽，搜索和下載數(shù)據(jù)。TISIDB宣稱數(shù)據(jù)來自2530種出版物的4176條記錄，這些出版物報告了988種與抗腫瘤免疫相關(guān)的基因。其次，它通過高通量篩選和基因組分析數(shù)據(jù)來鑒定與腫瘤細(xì)胞免疫細(xì)胞浸潤相關(guān)的基因。再者，其預(yù)先計算了30種TCGA癌癥類型的多個基因和免疫特征之間的關(guān)聯(lián)，例如淋巴細(xì)胞，免疫調(diào)節(jié)劑和趨化因子。 小伙伴們動動手點(diǎn)贊吧，這可是一個全新的網(wǎng)站哦！ |
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