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臨床醫(yī)生發(fā)高分文章不用愁,超詳細(xì)的臨床研究預(yù)測(cè)類文章思路分析!

 生物_醫(yī)藥_科研 2019-02-22

本節(jié)我們將舉具體案例,與大家深入交流臨床研究中的預(yù)測(cè)模型構(gòu)建思路。我們將以Journal of Clinical Oncology雜志(IF=26.3)中的一篇文章為例,為大家深入解讀臨床研究中的預(yù)測(cè)模型的構(gòu)建和行文思路。

Journal of Clinical Oncology雜志主要刊登腫瘤治療方面的臨床研究,是國際醫(yī)學(xué)腫瘤臨床研究領(lǐng)域頂級(jí)代表性期刊、美國癌癥協(xié)會(huì)(ASCO)的官方雜志。(話題岔開,這個(gè)雜志很適合臨床研究的科研人員日常閱讀與學(xué)習(xí),強(qiáng)烈推薦!)

該文由中科院分子影像重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室田捷研究員團(tuán)隊(duì)和廣東省人民醫(yī)院放射科合作,采用新興的影像組學(xué)(Radiomics)方法在結(jié)直腸癌淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移預(yù)測(cè)研究方面取得了重要進(jìn)展。臨床預(yù)后預(yù)測(cè)類文章均可參照此文。

結(jié)直腸癌的術(shù)前淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移狀態(tài)影響著臨床決策,決定了手術(shù)的清掃范圍,影響早期直腸癌局切治療的選擇,以及新輔助放化療后cCR患者后續(xù)治療的選擇等等,但是目前常規(guī)的影像學(xué)檢查判斷術(shù)前淋巴結(jié)狀態(tài)的準(zhǔn)確性亟待提高。同時(shí),近年來影像組學(xué)已成為影像學(xué)領(lǐng)域最受關(guān)注的研究熱點(diǎn)和前沿方向之一。因而,本研究則是在抓住了關(guān)鍵問題(如何在術(shù)前進(jìn)行較準(zhǔn)確的淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移判斷是當(dāng)前結(jié)直腸癌臨床中遇到的挑戰(zhàn)性問題),同時(shí)應(yīng)用了前沿方法,開發(fā)并驗(yàn)證了影像組學(xué)聯(lián)合CT和臨床危險(xiǎn)因素列線圖(nomogram)模型,用于預(yù)測(cè)結(jié)直腸癌(CRC)術(shù)前淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移的風(fēng)險(xiǎn)。利用研發(fā)的預(yù)測(cè)模型可以輔助臨床醫(yī)生進(jìn)行結(jié)直腸癌的術(shù)前決策,具有重要的臨床價(jià)值和應(yīng)用前景。這也是田教授團(tuán)隊(duì)成功發(fā)表JCO的關(guān)鍵所在。接下來我們深入分析該文。

 

一、問題提出

①結(jié)直腸癌(Colorectal cancer)是人類最常見的消化道惡性腫瘤之一,其發(fā)病率和死亡率分別居所有癌癥的第三位和第四位。

②結(jié)直腸癌深入盆腔,解剖關(guān)系復(fù)雜,手術(shù)不易徹底,術(shù)后復(fù)發(fā)率高。特別是如果結(jié)直腸癌患者合并淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移,將更難以治療,必須在手術(shù)時(shí)對(duì)所有受侵犯的淋巴結(jié)進(jìn)行徹底清掃,否則很有可能出現(xiàn)術(shù)后復(fù)發(fā)及轉(zhuǎn)移。但是術(shù)前傳統(tǒng)CT影像學(xué)難以判斷淋巴結(jié)是否轉(zhuǎn)移,也很難通過穿刺活檢獲得淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移信息;而術(shù)中對(duì)所有淋巴結(jié)盲目清掃又會(huì)帶來很多不必要的副作用(如淋巴水腫等)。

關(guān)鍵

缺乏能準(zhǔn)確判斷cRC術(shù)前淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移情況的工具,影像組學(xué)伴隨圖像分析技術(shù)的進(jìn)步能夠解決這一關(guān)鍵問題!

在這兒我們先岔開給大家簡(jiǎn)單講一下影像組學(xué)這一未來非常有潛能的方向。影像組學(xué)(Radiomics)是利用數(shù)據(jù)挖掘等信息技術(shù),從影像、病理、基因等海量數(shù)據(jù)中挖掘提取并量化腫瘤海量特征,解析影像與基因和臨床信息(分型、療效和預(yù)后等)關(guān)聯(lián)的新方法。 

?影像組學(xué)的優(yōu)勢(shì):

·無創(chuàng)

·容易獲得

·反映腫瘤整體性質(zhì)

·可用于動(dòng)態(tài)隨訪

?影像組學(xué)在肺癌及頭頸部腫瘤中的應(yīng)用:

 通過影像組學(xué)預(yù)測(cè)肺癌及頭頸部腫瘤的預(yù)后。

二、方法部分

總體思路

1 患者資料

人群資料收集時(shí)我們需要思考的問題

?結(jié)直腸癌患者:入選/排除標(biāo)準(zhǔn)

?一般人口學(xué)信息

?影像學(xué)資料——紋理特征提取

?淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移狀態(tài)(YES/NO)

針對(duì)這一挑戰(zhàn)性的問題,田捷研究員團(tuán)隊(duì)和廣東省人民醫(yī)院放射科劉再毅教授、梁長(zhǎng)虹教授團(tuán)隊(duì)合作,回顧分析了廣東省人民醫(yī)院2007-2011年間500余例進(jìn)行結(jié)直腸癌手術(shù)的患者資料,利用新興的影像組學(xué)方法,將影像特征、臨床病理特征(血清標(biāo)記物和臨床指標(biāo))相結(jié)合,構(gòu)建并驗(yàn)證了基于影像組學(xué)標(biāo)簽的結(jié)直腸癌淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移術(shù)前預(yù)測(cè)模型,用于對(duì)淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移的概率進(jìn)行定量預(yù)測(cè)。

2圖像獲取方法

  • 兩名影像科醫(yī)師在增強(qiáng)cT門脈相進(jìn)行勾畫

  • RO:腫瘤最大徑層面的腫瘤外輪廓

  • ICC:觀察者內(nèi)( reader1);

         觀察者間( reader1 and reader2)

常規(guī)CT判斷LN+標(biāo)準(zhǔn)

淋巴結(jié)增大>1cm和/或>=3個(gè)成簇淋巴結(jié)

3特征提取方法

  • 提取軟件:in-house software

  • 算法分析: Matlab2010

  • 單個(gè)圖像提取150種特征

  • 統(tǒng)計(jì)軟件:R

4統(tǒng)計(jì)分析

統(tǒng)計(jì)分析時(shí)我們需要思考的問題

?問題1:影像學(xué)信息特征選擇 (變量篩選)

單個(gè)圖像提取150種紋理特征

?問題2:如何建模?評(píng)價(jià)模型預(yù)測(cè)效果?

Logistics模型

?問題3:建立 NOMOGRAM,如何判斷模型是否可靠?

模型驗(yàn)證

?問題4:建立的模型是否具有臨床應(yīng)用價(jià)值?

三、結(jié)果部分

結(jié)果分為三個(gè)部分:基本特征、模型建立以及校正曲線&決策曲線

1基本特征

原始集(primary cohort)與驗(yàn)證集(validation cohort)的基線特征無明顯差異。

二者中LN(+)與LN(-)患者大部分特征有差異,尤其是Radiomics score中位數(shù)。

CT診斷LNM的準(zhǔn)確率為0.63。

PS:一般而言,如果是做預(yù)測(cè)類模型,分為Primary cohort和validation cohort,validation cohort也可分internal validation(內(nèi)部驗(yàn)證)和external validation(外部驗(yàn)證)。有時(shí)候有的研究只有內(nèi)部驗(yàn)證,或只有外部驗(yàn)證,也是可以的。更為嚴(yán)謹(jǐn)?shù)难芯渴切枰猛獠繑?shù)據(jù)進(jìn)行驗(yàn)證。

還有就是,原則上我們希望Primary cohort和validation cohort在baseline方面盡量?jī)山M差異較小。對(duì)于差異較大的變量,我們需要格外注意,其是否對(duì)結(jié)果產(chǎn)生嚴(yán)重的影響。

2模型建立

特征選擇(Feature Selection and Radiomics Signature Building)

利用 LASSO邏輯回歸模型,從提取出的150個(gè)特征中篩選出24個(gè)具有預(yù)測(cè)作用的特征,這些特征的回歸系數(shù)均非零。

PS:LASSO方法學(xué)部分和R軟件程序我們將在單獨(dú)開展一期推文。如果大家感興趣,我們將臨床研究這一系列推文形成視頻后推出。

通過R語言安裝'glmnet' 包計(jì)算LASSO,得到下列公式,最后計(jì)算出Rad score。

建立回歸模型

建立多元Logistic回歸模型(Multivariable logistic regression),建立兩個(gè)模型(PS:某些大文章會(huì)通過納入不同的變量,建立2-3個(gè)Model)。最終進(jìn)入 model1的參數(shù)包括: Radionics signature、CEA水平、CT診斷的LN狀態(tài);mode12還包括活檢組織的組織學(xué)分級(jí)。

Nomogram預(yù)測(cè)淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移風(fēng)險(xiǎn)(PS:Nomogram簡(jiǎn)言之就是Logistic回歸或者Cox比例風(fēng)險(xiǎn)模型的可視化操作,具體的軟件應(yīng)用也需要另外一篇推文詳細(xì)闡述Nomogram的原理和R包的應(yīng)用)

上圖可通過三個(gè)相對(duì)簡(jiǎn)單的變量(Radiomics signature, CEA level, CT-reported LN status)則可預(yù)測(cè)結(jié)直腸癌淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移的風(fēng)險(xiǎn)。

3校正曲線&決策曲線

矯正曲線

決策曲線

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