根據(jù)歐盟的相關(guān)指南要求，遺傳病的報(bào)告需要有明確的陰性和陽(yáng)性的結(jié)論。

陽(yáng)性報(bào)告會(huì)在結(jié)論處以醒目的方式提示這是陽(yáng)性結(jié)果，并且會(huì)列上致病突變。陽(yáng)性報(bào)告意味著致病突變可以同時(shí)滿足生物、遺傳和臨床三要素的支持，而且這個(gè)結(jié)果可以用于遺傳咨詢的指導(dǎo)。

陰性報(bào)告的形式，一般會(huì)在結(jié)論中直接說是“陰性”。但是后面會(huì)附上一些致病證據(jù)不夠充分，但不排除致病可能的變異及解釋，供醫(yī)生參考，或許這里面潛藏著致病突變。

醫(yī)生建議做遺傳病基因檢測(cè)，一般都期待陽(yáng)性結(jié)果，不太愿意看到陰性結(jié)果。但其實(shí)陰性結(jié)果是必然存在的一種可能性。

陰性報(bào)告的幾種可能的原因。

真正陰性：

1) 患者并非遺傳病。

這是一種客觀存在的可能性，但一般不能確定，只能說不排除這種可能，因?yàn)閮H憑基因的陰性結(jié)果并不足以排除遺傳病。

對(duì)于大多數(shù)疾病，遺傳只是部分致病原因，期待100%的基因檢測(cè)陽(yáng)性率是不現(xiàn)實(shí)的，也是不正確的。

2) 患者是遺傳病，但并非人類已定位基因的遺傳病。

這屬于人類認(rèn)識(shí)的局限性。目前人類已經(jīng)發(fā)現(xiàn)超過7千種孟德爾遺傳病，但已定位基因的只有四千多種，還有很多疾病并未明確致病基因。這種情況往往意味著科研發(fā)現(xiàn)，有可能會(huì)發(fā)現(xiàn)新的致病基因。在科研思路上，一般可以借助家系共分離原則在未報(bào)道疾病中篩選可疑的基因。不過僅憑一個(gè)家系就找到新致病基因還是比較難，更有效的辦法是積累樣本，形成某種疾病的數(shù)據(jù)庫(kù)，在眾多患者數(shù)據(jù)中尋找基因突變的共性。

假陰性：

3) 檢測(cè)范圍局限性：

A. 檢測(cè)范圍不全：比如小包（Panel）漏檢概率就很高，中包（涵蓋已知四千種病的臨床外顯子組）也可能打包不全——因?yàn)槊磕甓紩?huì)新發(fā)現(xiàn)約二百種疾病。全外顯子相對(duì)全面一些。

B. 漏檢了某種變異形式：漏檢了CNV、中型缺失重復(fù)以及動(dòng)態(tài)突變等，是二代測(cè)序的捕獲測(cè)序所不能檢測(cè)到的。對(duì)于表型復(fù)雜或基因異質(zhì)性突出的疾病，對(duì)點(diǎn)突變和CNV的檢測(cè)應(yīng)同等重視。對(duì)于中型缺失比較常見的某些疾?。ㄈ鏒MD、SMA、α地中海貧血、腎上腺皮質(zhì)增生癥等），應(yīng)加測(cè)相關(guān)MLPA檢測(cè)。對(duì)于脊髓小腦共濟(jì)失調(diào)、肯尼迪病、亨廷頓病等涉及動(dòng)態(tài)突變的，應(yīng)加測(cè)動(dòng)態(tài)突變項(xiàng)目。

C. 漏檢了某種致病機(jī)制：比如漏檢了mtDNA等。對(duì)于不能排除線粒體病可能的，建議加測(cè)mtDNA高敏感測(cè)序分析。

D. 突變?cè)诜蔷幋a區(qū)（外顯子測(cè)序技術(shù)局限性）：一般的捕獲測(cè)序只覆蓋編碼區(qū)序列，非編碼區(qū)的致病突變無法檢測(cè)到。全基因組測(cè)序可以檢測(cè)到非編碼區(qū)，但價(jià)格昂貴，而且解讀更加困難。

對(duì)于這種情況可以調(diào)整檢測(cè)策略，增加特定的檢測(cè)項(xiàng)目，以彌補(bǔ)檢測(cè)范圍的缺漏。

4) 二代測(cè)序技術(shù)局限性：

E. 編碼區(qū)沒覆蓋全（捕獲測(cè)序技術(shù)局限性）：即便對(duì)于目標(biāo)序列的編碼區(qū)，外顯子捕獲測(cè)序無法做到100%覆蓋，如果有臨床懷疑的基因?qū)е铝嘶颊叩谋硇?，可以?lián)系實(shí)驗(yàn)室做進(jìn)一步檢測(cè)分析。

F. 編碼區(qū)覆蓋全了，但沒檢測(cè)到：即便覆蓋全了，但測(cè)序深度極低，比如變異位置總深度不到3X，有可能變異的DNA片段沒能捕獲下來，或者捕獲下來但因?yàn)榱刻贈(zèng)]能進(jìn)入測(cè)序文庫(kù)。

G. 檢測(cè)到了，但數(shù)據(jù)質(zhì)量不佳被過濾掉：如果總深度或突變深度只有1X，很有可能在數(shù)據(jù)分析階段被過濾掉。

對(duì)這種情況，可以嘗試其他檢測(cè)技術(shù)平臺(tái)，比如DNA編碼區(qū)無法覆蓋的，可以考慮mRNA檢測(cè)；特定區(qū)域用二代測(cè)序覆蓋不好的，臨床上又強(qiáng)烈懷疑這種疾病的，可以考慮用一代測(cè)序補(bǔ)測(cè)。

5) 檢測(cè)出來了，但沒分析出來：

H. 臨床特征收集與標(biāo)準(zhǔn)化不到位：臨床特征分析是三要素之一，不可或缺，其前提是臨床特征收集與標(biāo)準(zhǔn)化必須詳實(shí)準(zhǔn)確。否則僅憑生物、遺傳兩個(gè)要素分析，真正的致病突變很有可能綜合評(píng)級(jí)不夠優(yōu)先，而被湮沒在海量變異中。

I. 患者單人項(xiàng)目局限性：僅對(duì)患者單人進(jìn)行檢測(cè)，無法充分分析每一個(gè)變異是否符合遺傳學(xué)共分離原則，從而鑒定其是否致病，故有可能在分析過程中對(duì)潛在的致病突變有所遺漏。

J. 其他數(shù)據(jù)分析因素

需要反復(fù)強(qiáng)調(diào)，臨床特征的收集和標(biāo)準(zhǔn)化非常重要，家系(Trios)檢測(cè)策略非常重要。

由于存在諸多假陰性的可能性，因此基因檢測(cè)的陰性結(jié)果一般不能用于排除遺傳病，除非對(duì)于某種遺傳病有著確定的分子流行病學(xué)的結(jié)論——某些熱點(diǎn)突變占據(jù)幾乎全部患者的情況，但即便是這種情況一般也不能百分百排除。

總之，對(duì)于陰性結(jié)果，首先要審視是否存在排除遺傳病的可能，如果不能排除遺傳病（比如患者有明確的家族病史），則可以審視檢測(cè)策略是否有進(jìn)一步彌補(bǔ)檢測(cè)范圍缺漏的空間，是否運(yùn)用了家系Trios策略，并且審視數(shù)據(jù)質(zhì)量是否合格。如果檢測(cè)范圍已經(jīng)考慮得很周全了，也用了家系策略，數(shù)據(jù)質(zhì)量沒問題，但結(jié)果還是陰性的話，那么就可以告訴患者，這已經(jīng)是極致的檢測(cè)策略了，陰性結(jié)果說明這種疾病超出了目前基因檢測(cè)水平的極限。