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TCGA的突變位點、生存分析結(jié)果、甲基化數(shù)據(jù)一站搞定

 ypgao 2018-03-16



現(xiàn)如今,隨著癌癥研究的不斷深入,以及測序的持續(xù)高溫,TCGA在科研界中保持極高的曝光率。大量的科研人員利用TCGA數(shù)據(jù)庫來幫助自己尋找感興趣的靶點,或是對自己的科研成果進行驗證。


今天,小編給大家?guī)硪粋€TCGA數(shù)據(jù)庫的第三方online tools,叫做“LinkedOmics”,幫助大家更加方便的使用TCGA數(shù)據(jù)庫。(http://www./login.php


1.這個網(wǎng)站需要大家先去注冊,但是注冊非常的便捷,使用自己的郵箱即可。



2.直接選擇所要研究的癌癥類型(共有38種癌癥),這里以甲狀腺癌為例(Thyroid carcinoma)


3.選擇你需要的數(shù)據(jù)類型,即研究的目標,如miRNA數(shù)據(jù)、mRNA數(shù)據(jù)、甲基化數(shù)據(jù)、突變位點等。這里注釋了數(shù)據(jù)來源以及數(shù)據(jù)平臺。小編想去看在TCGA數(shù)據(jù)中一個lncRNA H19的mRNA表達水平在甲狀腺癌中的差異,所以選擇了RNAseq的數(shù)據(jù)。



4.這一步是Optional的,是對樣本的進一步篩選;


5.這一步在輸入框中寫上基因名字;



6.此處因為小編想看H19這個lncRNA的生存分析等結(jié)果,所以選擇clincial的選項,統(tǒng)計方法選擇非參數(shù)檢驗(Nonparametric tests);



7.如果大家是想去看和H19存在共表達的基因,或是查找被H19調(diào)控的miRNA的correlation,可以根據(jù)自己的需求,在上一步選擇對應的數(shù)據(jù)類型;


8.點擊遞交后,頁面會生成你所感興趣的基因的分析結(jié)果



然后點擊view,就會生成你所感興趣的圖。比如生存分析如下圖所示:




這網(wǎng)站極其方便易學,不用我們?nèi)CGA中費力的查找具體信息,希望可以幫助到大家,為你們的研究也帶來便利。


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